В 1994 году окончил 676 школу-гимназию с углубленным изучением истории и иностранных языков. В том же году поступил в МГИК на факультет государственной культурной политики.

Начал свою трудовую деятельность в конце 1994 года в совместном российско-ирландском предприятии в качестве ассистента руководителя и переводчика.

В 1995 году непосредственно участвовал в организации выставки Caspian Oil and Gas Exhibition and Conference в Баку, где прожил полтора месяца. В конце 1995 года перешел на работу в подразделение Lufthansa Cargo, где впервые столкнулся с индустрией грузовых авиаперевозок.

В 1996 году, в связи со сменой руководства и началом передела собственности в аэропорту Шереметьево, пришлось уйти на должность руководителя логистического департамента АО «Корпорации ЛБЛ».

В 2001 году Агафонцев М.В. организовал собственное предприятие «НОРД КОННЕКТ», руководителем которого является по настоящее время.

В качестве хобби увлекается экстремальным туризмом и за последние 25 лет посетил более 50 стран на всех континентах. Помимо этого, профессионально занимается парусным спортом, также принимал участие почти во всех крупнейших мировых регатах, имеет рейтинг Yachtmaster Ocean.